野心家白赖仁（李子雄 饰）为了实现控制人类的梦想，派出手下甲贺忍者领袖虎大介追杀菊池博士，成功抢走了他身上的“赤盒”——一个收藏着菊池发明，可以反抗任何病毒的药苗“人类”之小盒子！菊池死后，白赖仁才发现世上只有一个叫高比（黄子华 饰）的潦倒音乐家才拥有打开“赤盒”之能力，遂派虎大介生擒高比，另一方面，菊池徒弟伊贺女忍者香也发誓要完成师傅遗愿---“杀高比”，而另一边，伊贺派芭蕉先生却派爱徒小灵（黄圣依 饰）保护高比，免落入坏人手上。三路人马碰头，展开龙争虎斗，高比夹在当中，叫苦不已。最后小灵趁着虎大介对香手下留情的刹那机会，带着二人杀出重围，逃回雾隐村。原来香和虎大介是青梅竹马恋人，碍于门派斗争，有情人难成眷属。香唯有暂在芭蕉家养伤。
