アルファモンの出現から時が過ぎ、お台場は少しずつ復興が進んでいた。選ばれし子どもたちは新たな仲間である望月芽心とメイクーモンを加え温泉テーマパークで楽しく過ごしていたが、城戸丈はそこにはおらず大学受験と“選ばれし子ども”としての責任のはざまで悩んでいた。すると、お台場に感染デジモンのオーガモンが現れ、太刀川ミミとパルモンが泉光子郎の制止を聞かず立ち上がるが……。