《六扇门传奇》以明朝为故事背景，祝英(陶洋饰)作为唯一的女捕快，她外表冷若冰霜，内心却侠骨柔肠。沉默寡言的祝英作为六扇门的巧手，加入玄武小组后屡建奇功，亲手制作的各种机关武器，在关键时刻帮了男主角周冲的大忙，两人之间从而暗生情愫。
故事伊始于明朝中叶老皇帝重病昏迷不醒之时。彼时，太子之位仍旧空缺，而朝廷之中觊觎九五之尊地位之人大有人在。霎时间，朝廷之上，后宫之中，呈一片波云诡异的骇人景象。心怀鬼胎之人蠢蠢欲动而在暗中悄然窥探。此时，何处不是风云，何处不是危机，何处不是死亡。齐王狼子野心，诸皇子各怀鬼胎，遂掀起了一场明争暗斗的储君之战。与此同时，京城惊现连环杀人案。六扇门统带申梓木怀疑可能与皇位之争攸关，遂想敷衍了事。岂料，膝下独子申力行竟意外卷入这起悬疑重重，危机四伏的命案之中。无奈之下，本希望儿子好好活着的申梓木只能被迫带着申力行一同追寻此案真相。申力行年少有为，天赋异禀，很快便破获此案。只是随着案件逐渐露出水面，一场深藏黑暗之中的宫廷斗争序幕也被拉开了。随着案情调查的深入，牵扯本案的人员也越来越广，甚至追索到了十多年前皇后犯下的一桩弥天大罪。如若案件就此被揭开，关于皇位的传承必然会遭受重大影响。为此，总是有小人在暗中窥探，暗中捣鬼，致使申力行遭人暗害，令其痛不欲生。于这危急关头，昏迷许久的皇帝突然病愈醒来。觊觎皇位许久的齐王更不会放过这个大好机会。他将申力行破案的结果如实呈报给皇帝。最终，龙颜大怒，皇子也因此被软禁。狡猾阴险的齐王眼看着即将到手的皇位而暗自欣喜之时，申力行也在意外中发现杀死父亲申梓木的凶手竟然是齐王的手下苏溢清。为了探寻家父身亡的真相，他不惜深入敌穴，最终查明一切事情始末，揪出齐王这个野心勃勃的幕后黑手。齐王在被揭发的真相面前走投无路，而选择起兵造反。幸而皇子得申力行的大力帮助才终于剿灭了叛党，顺利即位，而申力行也如愿以偿替父报仇。
平叛乱齐王临终言善振朝纲皇帝诛佞铲奸
刘吉执意要进司礼监找申力行，赵无极紧张不已。正要给申力行松绑的小栓子听见了赵无极的朗声暗示，忙将申力行藏进了后屋。刘吉派人四处搜查未果，只得暂且愤愤然离开。 顶受着各方压力的赵无极请求申力行帮自己渡过难关。申力行说服赵无极带自己去面圣。 宫中，皇帝试探申力行有无觊觎皇位之心。申力行义正言辞，一口…
齐王挟张强谋反新帝欲御驾亲征
张强要送齐王离开，并解释道并非自己不念旧情，可是讨逆之事实在让自己为难。齐王表示理解，站起身后却突然暴起袭击，点了张强的穴，掐死了旁边的宋万。随后，齐王让苏溢清将张强的老婆孩子解押过来作为人质。张强大怒，斥责齐王恩将仇报，齐王撕下虚伪面目一脚将张强踹倒在地上。 苏溢清此时已经完全被齐王洗脑，还一个…
刘吉党人党同伐异落魄齐王谋求再起
皇子正式登基为新帝，然后以劳民伤财为由否决了刘吉举办登基大典的提议。朝堂之上，皇帝让赵无极给刘吉和徐蔚赐座。此时，成王败寇之势已然成定局，皇子党是炙手可热，刘吉自然是春风得意不可一世。 赵无极自知处在尴尬而危险的境地，为了表明忠心，不被秋后算账，回到东厂的赵无极命令小栓子再带人手抓捕齐王，从而将功…
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